《行政處罰法》第44條規定，“行政處罰決定依法作出后，當事人應當在行政處罰決定的期限內，予以履行。”根據這一規定，政府部門發現違法建筑在建時，應依據《城鄉規劃法》等法律法規的規定作出責令停止建設的行政處罰。如果違建人在行政處罰決定的期限內不予履行，在履行公告、告知復議或訴訟、催告等法定程序后，就可以依法拆除。

《行政強制法》第四十四條規定：“對違法的建筑物、構筑物、設施等需要強制拆除的，應當由行政機關予以公告，限期當事人自行拆除。當事人在法定期限內不申請行政復議或者提起行政訴訟，又不拆除的，行政機關可以依法強制拆除。”根據這一規定，當事人申請行政復議或者提起行政訴訟期間，行政機關是不可以強制拆除的。然而違法建筑若出現在征地拆遷中，綜合違法建筑的認定考量因素和處理原則，可以作如下處理：

1、 第一種情況不屬于違法建筑的范疇，屬于因歷史原因合法建造的房屋，可依《物權法》第30條取得物權，應當完全納入拆遷征收補償范圍。

2、 第二種情況屬于在當事人無違法主觀認識下客觀上形成的存量違法建筑，如果自具體認定和處理時間節點往前計算在處罰時效內，按第《行政處罰法》第44條處理；如果在處罰時效之外，就應按照《行政處罰法》第29條而不予追究，基于已經穩定的社會關系，應當完全納入拆遷征收補償范圍。        

3、 第三種情況造成的存量違法建筑，當事人與政府均有過錯。由于政府在行政管理關系中的地位處于強勢地位，其過錯程度也應高一些。在對該等存量違法建筑進行處理時，應當納入拆遷征收補償范圍予以適當補償，比例可以考慮在標準賠償額的70%以上。        

4、 第四種情況是在政府默許的狀態下造成的違法建筑。對于政府應積極履責之行政行為，2年內采取以罰代拆、以罰代管等措施或者不作為也應推定為政府默許，其原因在于：①過錯責任原則；②一事不再罰原則；對于這個情形造成的違法建筑，如果在處罰時效內，當事人應承擔政府默許的舉證責任，自然應當完全納入拆遷征收補償范圍;如果在處罰時效之外，即為超過追究時效的存量違法建筑，理應按照第一種情況完全納入拆遷征收補償范圍。       

 5、 第五種情況系通過受讓取得他人的違法建筑。對于該種情形的違法建筑具體認定和處理期間應從時間節點溯及至違法建筑的原占有人的“建成”之時。如果該違法建筑在處罰時效之內，應給予現違法建筑占有人以受讓對價補償，以填平補償當事人的直接損失，使當事人遭受的損失降至最低;如果在處罰時效之外，也應按照第一種情況完全納入拆遷征收補償范圍。        

6、第六種情況為棚戶區。應本著實事求是的原則，采取適當補償為宜。       

 7、第七種情況系政府征收時違法吊銷當事人證照造成事實上的違法建筑。當事人可以根據《行政訴訟法》第45條等規定要求補償 及賠償。