違規(guī)行為和不規(guī)范現(xiàn)象的產生，除了政府職能存在錯位、越位、缺位，招投標的有形交易市場及相應管理體制不健全外，還與政府投資項目管理及其招投標的機制設定存在缺陷有關，同時也與多年招投標活動中形成的社會“潛規(guī)則”有關。概括起來，主要有以下三點：

(一)招投標活動的管理體制不合理、制度不完善。在政府投資項目的招投標活動中，納稅人(即初始委托人)、政府、招標人、招標代理機構、評標專家以及毫不相干人之間的多層次委托代理關系，使初始委托人與招標人和投標人之間信息不對稱，招標人與投標人為自身利益考慮，就可能發(fā)生相互串謀，內定中標或哄抬中標價格。目前政府投資項目實施從決策、招投標、建設管理到竣工驗收大多仍在一個部門或系統(tǒng)內封閉完成，真正統(tǒng)一的招標管理機構和招標平臺還沒建立，招投標管理和監(jiān)督體制還沒理順，多頭監(jiān)管格局引發(fā)相互矛盾和職責推諉，造成監(jiān)管不力。

(二)缺乏完善的監(jiān)督體系，監(jiān)督和處罰的力度欠缺。一是統(tǒng)一完備的招投標管理體系還沒形成，各行業(yè)、各部門出臺的法規(guī)、制度標準不一，甚至相互抵觸，還不能有效地防止人為因素的干擾。二是紀檢、監(jiān)察部門和招投標監(jiān)管機構等只對招投標程序和結果進行監(jiān)管，對招投標內容、標底及合同訂立等監(jiān)督存在缺位，使招投標管理的后續(xù)監(jiān)督出現(xiàn)真空，借資質、非法轉包、擅自變更合同和工程內容等未能得到有效的制止。同時政府投資項目招投標活動的行政主管部門以及重點項目辦公室既要對招投標活動進行監(jiān)管，又要受理投標人及其他利益關系人的投訴，以及招標代理機構的認定，業(yè)務眾多，造成監(jiān)督力量分散而缺乏力度，使招標單位自主招標的權力過大。三是審計監(jiān)督嚴重滯后，監(jiān)督范圍過小，審計整改難。一方面，各地在政府投資項目審計監(jiān)督中存在多頭管理、職能交叉、職責不清等問題;另一方面，審計機關投資審計力量與組織審計經費的嚴重不足，也使項目審計的提前介入得不到保障，審計覆蓋面狹窄，從而導致有的工程投用多年仍決算，建設資金使用失控甚至侵吞，審計整改落實難。四是對違規(guī)行為的處理處罰也只有警告、責令限期整改、罰款、沒收違法所得或取消一定時期內參加投標、評標的資格，對違規(guī)者的震懾力不夠。

(三)缺乏相應的行政監(jiān)督申訴制度和舉報激勵機制，導致制衡機制未能有效形成。現(xiàn)行的招標投標法對此沒有明文規(guī)定，許多舉報人要面對受報復的威脅，顧慮舉報沒有效果，招投標違規(guī)隱蔽性強取證難等，從而自動放棄舉報。同時，缺乏對招投標中違規(guī)行為的舉報激勵機制、為舉報人保密機制，輿論監(jiān)督以及協(xié)調統(tǒng)一的行政監(jiān)督申訴制度和投標人救濟制度，仍不能對招投標活動形成有效的制衡機制。