問題所涉及的情況可能是這樣：當事人在適用《建設工程示范文本》時，對通用第35條違約條款具體處理時，沒有按要求在專用條款中對逾期竣工的違約金做具體約定，造成合同對逾期竣工的違約責任約定不明確。
對此種情況的處理，應當適用相關法律的規定。
《》第七章違約責任對此有一系列相應規定。
《司法解釋》第8條發包人的解除權對承包人逾期竣工的違約責任規定可以解除合同，第10條解除合同后的處理原則規定建設工程施工合同解除后，已經完成的建設工程質量合格的，發包人應當按照約定支付相應的工程價款;已經完成的建設工程質量不合格的，參照本解釋第三條規定處理。
因一方違約導致合同解除的，違約方應當賠償因此而給對方造成的損失。
只是損失計算的標準實踐較難掌握，處理時可以由當事人自行舉證證明損失的大小，也可以要求按利息計算。
《司法解釋》第18條規定了三種具體的處理利息起算標準，分別是(1)建設工程已實際交付的，為交付之日;(2)建設工程沒有交付的，為提交竣工結算文件之日;(3)建設工程未交付，工程價款也未結算的，為當事人起訴之日。
我認為針對這一問題，按《司法解釋》第18條規定處理較具有操作性。

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既是無效合同，其上什么約定都無效，無效的約定及沒有約定的事都應協商處理。

《施工合同司法解釋》第13條：“建設工程未經竣工驗收，發包人擅自使用后，又以使用部分質量不符合約定為由主張權利的，不予支持；但是承包人應當在建設工程的合理使用壽命內對地基基礎工程和主體結構質量承擔民事責任。
” （1）發包人擅自使用未經竣工驗收的建設工程，對其使用部分出現的質量問題，應自行承擔責任； （2）對建設工程的地基基礎工程和主體結構質量，在合理使用壽命內，仍由承包人承擔民事責任。
(終身保修責任) （3）建設工程未經竣工驗收擅自使用，視為驗收合格，可以進入結算程序。

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