事業單位對基本建設投資的會計處理和報告在適用本制度的同時，還應當按照國家有關規定單獨建賬、單獨核算。

根據財政部規定適用行業會計制度的事業單位，執行相應行業會計制度，不執行本制度;實行企業化管理的事業單位，執行企業會計準則體系，不執行本制度。

二、事業單位應當按照下列規定運用會計科目：

(一)事業單位應當按照本制度的規定設置和使用會計科目。

在不影響會計處理和編報財務報表的前提下，可以根據實際情況自行增設、減少或合并某些會計科目，以及自行設置本制度規定之外的明細科目。

(二)本制度統一規定會計科目的編號，以便于填制會計憑證、登記賬簿、查閱賬目，實行會計電算化管理。事業單位不得隨意打亂重編。

(三)事業單位在填制會計憑證、登記會計賬簿時，應當填列會計科目的名稱，或者同時填列會計科目的名稱和編號，不得只填列科目編號、不填列科目名稱。

三、事業單位財務報告是事業單位對外提供的反映事業單位某一特定日期的財務狀況和某一會計期間的運營成果、預算執行等會計信息的文件。事業單位應當按照下列規定編報財務報告：

(一)事業單位財務報告由會計報表、會計報表附注和財務情況說明書組成。會計報表和會計報表附注構成財務報表。會計報表包括資產負債表、收入支出表、財政撥款收入支出表以及有關附表。

(二)事業單位的財務報告分為年度財務報告和中期財務報告。

以短于一個完整的會計年度的期間(如季度和月度)編制的財務報告稱為中期財務報告。年度財務報告是以整個會計年度為基礎編制的財務報告。

(三)事業單位對外提供的財務報表的內容和格式，由本制度規定。事業單位內部管理需要的財務報表由事業單位自行規定。

(四)事業單位應當根據本制度有關財務報表的編制基礎、編制依據、編制原則和方法的要求，對外提供真實、完整的財務報表。

事業單位不得違反規定，隨意改變財務報表的編制基礎、編制依據、編制原則和方法，不得隨意改變本制度規定的財務報表有關數據的會計口徑。

(五)事業單位財務報表應當根據登記完整、核對無誤的賬簿記錄和其他有關資料編制，要做到數字真實、計算準確、內容完整、報送及時。

(六)事業單位對外提供的財務報告應當由單位負責人和主管會計工作的負責人、會計機構負責人(會計主管人員)簽名并蓋章;設置總會計師的單位，還應當由總會計師簽名并蓋章。

事業單位年度財務報告應當按照有關規定經過注冊會計師審計。

四、事業單位會計機構設置、會計人員配備、會計基礎工作、會計檔案管理以及內部控制等，按照《中華人民共和國會計法》、《會計基礎工作規范》、《會計檔案管理辦法》等規定執行。