對于這些檢察院直接管轄案件的管轄來講，既可能涉及到與公安機關的職能分工，也可能涉及與監察委的職能分工，還可能涉及到不同的檢察院之間的管轄分工。對于這種檢察院之間的管轄分工案件，部分管轄沖突就需要上級人民檢察院進行指定管轄。 根據《中華人民共和國刑事訴訟法》和最高人民檢察院的《人民檢察院刑事訴訟規則》的有關規定，檢察院可以指定管轄的刑事案件有以下4種：

1、管轄有爭議的案件； 就是因為有爭議，才需要指定管轄。

2、需要改變管轄的案件； 改變管轄，需要指定。

3、需要集中管轄的特定類型的案件； 對特定案件集中管轄，需要有指定。

4、其他需要指定管轄的案件。 兜底條款。 檢察院直接管轄案件的指定管轄，是解決不同檢察院之間管轄的沖突和爭議。但辦理案件的檢察院管轄改變，不僅影響檢察院自身，還對其他相關機關如起訴法院和辦理同類案件的公安機關有一定的影響。因此，對于指定管轄的問題，《人民檢察院刑事訴訟規則》還規定了配套的規定，即除了對直接管轄的案件可以指定管轄，對其他類型的案件也可以指定管轄，但對上述四種案件的審查起訴指定管轄的，人民檢察院應當與相應的人民法院協商一致。對特定類型案件的審查逮捕指定管轄的，人民檢察院應當與相應的公安機關協商一致。這些不同的規定，表明刑事訴訟活動確實是一個程序復雜的司法活動！