工程合同爭議可以采用以下方式處理:(1)和解。和解是指當事人因合同發生糾紛時可以再行協商，在尊重雙方利益的基礎上,就爭議的事項達成一致,從而解決糾紛的方式。 (2)調解。調解是指在第三人的主持下，通過運用說服教育等方法來解決當事人之間的合同糾紛。 (3)仲裁。仲裁是指發生合同爭議的雙方當事人，根據爭議發生前或發生后達成的仲裁協議,將糾紛提交仲裁機關進行裁決并解決糾紛的方式。 (4)訴訟。訴訟是指合同糾紛發生后,當事人如果沒有仲裁協議，任何一方均可以向人民法院提起民事訴訟，請求人民法院對合同糾紛依法予以處理。這是解決合同糾紛的最常見方式。 【法律依據】 《民事訴訟法》第三條，人民法院受理公民之間、法人之間、其他組織之間以及他們相互之間因財產關系和人身關系提起的民事訴訟，適用本法的規定。