根據該方案，新三板分為兩層：基礎層和創新層。

標準一：凈利潤+凈資產收益率+股東人數

(1)最近兩年連續盈利，且平均凈利潤不少于2000萬元(凈利潤以扣除非經常性損益前后孰低者為計算依據);

(2)最近兩年平均凈資產收益率不低于10%(以扣除非經常性損益前后孰低者為計算依據);

(3)最近3個月日均股東人數不少于200人。

標準二：營業收入復合增長率+營業收入+股本

(1)最近兩年營業收入連續增長，且復合增長率不低于50%;

(2)最近兩年平均營業收入不低于4000萬元;

(3)股本不少于2000萬元。

標準三：市值+股東權益+做市商家數

(1)最近3個月日均市值不少于6億元;

(2)最近一年年末股東權益不少于5000萬元;

(3)做市商家數不少于6家。

在達到上述任一標準的基礎上，須滿足最近3個月內實際成交天數占可成交天數的比例不低于50%，或者掛牌以來(包括掛牌同時)完成過融資的要求，并符合公司治理、公司運營規范性等共同標準。

已掛牌公司2015年年報披露截止日(2016年4月29日)后，全國股轉系統根據分層標準，自動篩選出符合創新層標準的掛牌公司，于2016年5月正式實施。

新掛牌公司滿足創新層準入條件的，將直接進入創新層。

準入標準的適用：

標準一，選擇適用標準一進入創新層的企業，須取得中國證監會核準在全國股轉系統公開轉讓的批復。

標準二，選擇適用標準二進入創新層的企業，應補充提交一年期審計報告。

標準三，選擇適用標準三進入創新層的企業，應當在掛牌前一次性向六家(含)以上的做市商發行股票或者掛牌同時發行股票，以本次發行價格作為市值的計算標準。

操作流程：企業在申報掛牌時，全國股轉系統根據分層標準就該掛牌公司是否符合創新層標準自動判斷，符合創新層標準的掛牌公司，直接進入創新層。

分層制度設計的初衷是，針對掛牌公司差異化特征和多元化需求，實施市場內部分層，提高風險管理和差異化服務能力，降低投資人信息收集成本。

未來，股轉系統會按照權利義務對等原則，在市場服務與監管要求方面，對不同層級掛牌公司實行差異化制度安排。

值的注意的是，在新三板市場的現有狀況下，交易主要集中在少數公司，大部分公司已是“僵尸”，分層制度推出后，情況可能會更為嚴重。

根據分層方案，共有多少家公司可以進入創新層，未來這些公司將獲得投資者的更多關注以及差異化制度的更多扶持，市場可密切關注。