即使法律、行政法規規定實施行政許可可以收取費用，實施機關也不得自行收取費用，還必須按照法定程序報經有關部門批準，核定收費項目和標準。我國的行政事業性收費項目和標準實行中央和省兩級審批。收費項目按隸屬關系分別報國務院和省、自治區、直轄市人民政府的財政部門會同計劃(物價)部門批準;制定和調整收費標準，也要按隸屬關系分別報國務院和省級人民政府計劃(物價)部門會同財政部門批準;重要項目及標準分別報國務院和省級人民政府批準。省級人民政府批準的行政事業性收費項目和收費標準報財政部、國家計委備案。省級以下人民政府及其各部門無權審批設立行政事業性收費項目或調整收費標準。面向農民的行政事業性收費，還應當經主管農業的部門審核。中國加入WTO工作組報告書曾經對我國服務市場開放中的行政許可收費提出了明確要求：“行政許可中的有關收費應當與處理行政許可申請所需的行政費用相當，除非該費用是通過拍賣或者招投標等競爭性方式確定的”。這可以理解為確定行政許可收費項目和標準的一項原則。一般來說，行政許可收費應當遵循非盈利和節約的原則，其收費計算標準應以實際勞務和消耗支出為準。實際收費中，一些機關把行政許可收費當作是財政創收的一種手段，收費標準遠遠高于實際成本，這是應當予以控制的。

二、收費要公開

按國家規定程序批準的行政事業性收費，要公開收費項目、范圍、標準，建立健全收費許可證、收費票據和年度審驗、票據稽查制度。收費單位必須到計劃(物價)部門辦理收費許可證，堅持持證收費，接受社會和群眾監督;必須使用由省、自治區、直轄市以上財政部門統一制發的收費票據或監制的專用票據。沒有收費許可證、沒有持證收費、沒有使用規定票據的，任何單位或個人都可以拒絕交費。任何組織和個人都有權向財政、計劃(物價)部門檢舉違反國家規定的收費行為。

三、收支兩條線

過去，一些地方為了緩解財政經費緊缺的情況，采取了行政機關執行法律、法規，履行法定職責時收取的費用，如許可收費、處罰收入等，可以與財政分成的辦法。行政機關收取的費用直接與本機關的行政經費、福利待遇相聯系，因而出現“收費越多、經費越多、福利越好”的現象。這種辦法產生種種弊端，特別是導致一些行政機關一味地追求收費和處罰，而忽視服務和管理。行政處罰法通過后，對罰沒收人實行收支兩條線管理，即罰沒收入全部上交財政，執法機關所需費用由財政撥款予以保障。這一制度的推行為解決行政機關借處罰牟利的問題發揮了積極的作用。目前，我國現已全面推行“執收”分開的制度，實行“單位開票，銀行代收，財政統管”的管理體制，所有行政事業性收費收入都應當及時、足額繳入國庫或預算外資金財政專戶。行政許可收費，應當貫徹這一原則。所收取的費用應當全部上繳國庫，不得截留、挪用、私分或者變相私分。財政部門也不得以任何形式向行政機關返還或者變相返還實施行政許可所收取的費用。

第五十九條行政機關實施行政許可，依照法律、行政法規收取費用的，應當按照公布的法定項目和標準收費;所收取的費用必須全部上繳國庫，任何機關或者個人不得以任何形式截留、挪用、私分或者變相私分。財政部門不得以任何形式向行政機關返還或者變相返還實施行政許可所收取的費用。