我國《行政訴訟法》設計的行政訴訟機制是以具體行政行為為中心的單軌制訴訟，其中心任務是對具體行政行為進行合法性審查。因此從《行政訴訟法》設計的具體制度來看，行政合同不在人民法院行政訴訟受案范圍之列。雖然最高法院用司法解釋的形式對具體行政行為作了擴張型解釋，即通過引入行政行為的概念將行政合同納入行政訴訟受案范圍，但這也僅是概念上的變通，司法解釋并未就行政合同訴訟進行具體的制度安排。

然而這種改良忽略了行政合同和行政行為的本質區別，認為“行政合同的履行是行政主體行使國家管理權的一種具體行政行為”，因此其制度安排是在以審查具體行政行為為核心的單軌制行政訴訟的框架下進行的。改良的結果是行政合同訴訟與只審查具體行政行為的單軌制行政訴訟存在制度沖突，無法真正實現對行政合同主體的權益保護。

律師認為，司法實踐中行政合同訴訟存在兩個方面的困境：

一、客觀上沒有納入行政訴訟范圍

《行政訴訟法》在制定之時并沒有將行政合同作為單列的一項可訴行為。主要原因是行政法學界對于行政合同的內涵、外延、法律性質等基本理論沒有形成一致的看法。行政合同的法律性質是行政行為還是行政管理形式，行政合同是單方行政行為還是雙方行為，行政合同是私法契約還是公法契約，尚無定論。1991年最高法院出臺的《行政訴訟法》的司法解釋將具體行政行為界定為行政機關依職權作出的單方行政行為，更是明確將行政合同排除在行政訴訟的范圍之外。理論上的不完備導致法律上對行政合同的不認可，行政合同訴訟一直游離在行政訴訟大門之外。

當然行政合同作為新興的行政管理形式，其自身的制度優勢必然隨著其在實踐中的運用而日益得到體現，這也必然會引起理論和實務界對行政合同的重新關注。最高人民法院1999年頒布的《行政訴訟法》的司法解釋明確將行政訴訟的受案范圍界定為行政行為，對行政訴訟受案范圍進行擴大性解釋，意圖在不破壞原有訴訟結構模式的基礎上將行政合同納入行政訴訟的范圍。然而這種解釋只局限在準入門檻，對于更為重要的規則設計卻沒有給予關注。這種模糊的訴訟準入規定，實際上并不能給予權利人足夠的保障。實踐中，法院因為沒有行政合同訴訟的具體審理規則，在主觀上必然回避行政合同訴訟。造成這種現象的原因并不是行政合同糾紛在實踐中沒有發生，而是理論、立法和司法的混亂，法律規定的模糊，使得行政合同訴訟處于一種游離的狀態，沒有得到應有的法律規制。

二、主觀上被民事訴訟混淆

“雖然最高院通過司法解釋的方式將行政合同納入人民法院行政訴訟受案范圍，但由于行政合同與民事合同均建立在雙方合意的基礎上，如何界定行政合同，如何區分行政合同與民事合同，在司法實踐中缺乏統一的標準。”部分私法學者甚至對行政合同的存在持懷疑態度。如梁*星教授認為：“什么是行政合同，中國現實中有沒有行政合同，哪些屬于行政合同，這些問題當然有深入探討的必要……”王*明教授認為：“行政合同究竟如何定義，其規范的對象是什么，恐怕是個有待討論的問題……”當理論和實務界懷疑行政合同的存在時，行政合同糾紛就只能遁入民事訴訟的范疇，權且被當作一般民事合同來處理。

其中最為典型的就是農村土地承包合同。根據《行政復議法》的規定，農村土地承包合同屬于行政合同。但是根據《農村土地承包法》的規定，承包合同被要求按照《合同法》的規定來承擔責任。這顯然是把土地承包合同歸入民事合同的范疇。在沒有行政合同訴訟規則的時候，土地承包合同糾紛只能被當作民事案件來受理，否則當事人權利受到侵害就找不到救濟方式。行政合同在理論上與民事合同界限不清，產生的結果就是行政合同訴訟容易被民事訴訟混淆。

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