高人民法院的司法解釋結合社會現狀和審判實際，從盡量尊重當事人雙方的意思表示，不輕易確認合同無效，以促進合同加速履行和社會資源的有效利用的目的出發，對當事人在向人民法院起訴前，已符合法律、行政法規規定的條件，又不存在合同法第52條規定的無效情形，就應當認定合同有效。簡單來說，雙方簽訂的原為無效的協議，在國家土地管理部門作出了辦理出讓手續或直接劃撥等具有批準或認可意思表示的行政行為之后，人民法院在審理時不作無效認定。

結合該司法解釋，人民法院對當事人因轉讓國有劃撥土地糾紛的處理原則如下：(1)土地使用權人未經有批準權的人民政府批準，與受讓方訂立合同轉讓劃撥土地使用權的，應當認定合同無效。(2)雙方簽訂轉讓合同后，至起訴前經有批準權的人民政府批準并與土地使用權人辦理土地使用權出讓手續的，應當認定合同有效。因為此時土地使用權人已經獲得國有土地使用權，其有權依照法定程序轉讓國有土地使用權。(3)雙方簽訂轉讓合同后，至起訴前經有批準權的人民政府同意轉讓，并由受讓方辦理土地使用權出讓手續的，土地使用權人與受讓方訂立的合同可以按照補償性質的合同處理。受讓方向國家土地管理部門交納土地出讓金，從國家土地管理部門獲得出讓土地使用權。受讓方不是非基于原轉讓合同獲得土地使用權，但是仍然應當依據協議對原土地使用權人予以補償。(4)雙方簽訂轉讓合同后，至起訴前經有批準權的人民政府決定不辦理土地使用權出讓手續，并將該劃撥土地使用權直接劃撥給受讓方使用的，土地使用權人與受讓方訂立的合同可以按照補償性質的合同處理。受讓人亦非基于原轉讓合同獲得土地使用權，但是仍然應當依據協議對原土地使用權人予以補償。