對保證保險合同的性質，理論和實踐中存在不同的理解和做法。有人認為保證保險合同是保證合同，是以保險為名，行保證之實。筆者認為，保證保險合同應歸類于保險合同，它與保證合同有本質上的區別。一是主體不同保證保險合同的主體是債權人和保證人，其中對保證人的資格，除了法律禁止作保證人的情況以外，擔保法未予以過多的限制，僅是一般性的規定了應具有代償能力。保證保險合同的主體包括投保人、被保險人和保險人。其中，投保人和被保險人同時就是買賣合同（或者貸款合同）的買方（或借款方）和賣方（或貸款方），保險一方必須是依據保險法取得經營保證保險業務的商業保險公司。

二是合同的內容不同保證合同是典型的單務無償合同，其內容由債權人的擔保權利和保證人的保證義務構成。當主債務人不履行債務時，債權人有權要求保證人履行保證義務，保證人應當依約定履行所承擔的保證義務。保證人除在一般保證中享有先訴抗辯權外，在保證合同中不享有任何權利。保證保險合同則是雙務有償合同，其內容主要是由投保人交納保費的義務和保險人承擔保險責任構成。三是合同的責任性質不同在保證合同中，保證人承擔的是保證責任，保證人履行了保證責任標志著合同目的的實現。同時保證人的保證責任只是一種補充責任，只有在主債務人不履行債務的情況下，保證人才根據債權人的要求承擔責任，如債務人已履行債務，則保證責任消滅。在保證保險合同中，保險責任是保險人的主要責任，只要發生了合同約定的保險事由，保險人即應承擔保險責任。這種責任因在合同有效期未發生保險事由而消滅。四是適用的目的不盡相同保證合同適用的惟一目的是擔保債權的實現，除此無任何存在價值。而保證保險合同作為一種保險手段，則是以降低違約風險和分散風險為目的。五是運行方式不同保證合同以擔保主債為目的，其內容體現的是依附被擔保的主債，而不追求任何經濟利益為目的。保證保險合同是一種財產保險合同，是當事人之間的一種商品交換關系，保險人通過開展保險業務化解和分散商業風險，換取商業利潤。