鑒定意見書盡管不是最終的結論，但是其關系到當事人的切身利益，對案件的處理結果有較大影響。鑒定意見書在法理上可以說是一種專家意見書，其鑒定意見通常和鑒定人的技術水平，鑒定設備鑒定標本有著直接的關系，任何一個環節的問題具有可能導致結果的不同，甚至錯誤。即使程序上合法、公正的鑒定意見當事人也可能會存在爭議，因此最高人民法院《關于民事訴訟證據的若干規定》規定當事人有證據證明鑒定結論有問題的，可以申請重新鑒定。

兩份鑒定意見的鑒定機構均具備合法的鑒定資質，鑒定的程序合法，鑒定的內容也完備。但是鑒定意見卻完全不同，那么哪一份鑒定意見書證明力更高，法院應該采信哪一份鑒定意見書呢?關于鑒定意見之間的效力問題，法律沒有明確的規定，《全國人民代表大會常務委員會關于司法鑒定管理問題的決定》也僅僅對司法鑒定人員的管理，鑒定機構的設置，以及司法鑒定機構的運行管理制度作出規定，但是對各個鑒定機構之間的關系，鑒定機構鑒定的地域范圍，以及鑒定意見的效力等級，未做規定。

在庭審中經常會出現不同的鑒定意見的情現象，法官認定的時候往往是根據案件的案情，以及經驗對鑒定意見書作出認定。主要考慮有以下幾點：

1、鑒定意見書的來源，是不是由法院委托的，法院委托鑒定機構作出的鑒定意見優先于其他來源的鑒定意見。主要原因有，目前鑒定意見的來源主要有，自行委托鑒定、交警部門委托鑒定、法院委托鑒定，自行委托鑒定和交警部門委托鑒定的一般稱為鑒定意見書而非司法鑒定意見書，而且其在鑒定機構的選擇通常也沒有征得被告方的同意，被告方往往以不知道、單方委托，不公正，鑒定機構偏向委托人作出有利于委托的人鑒定意見為由，不認可這些鑒定意見。因此其在證明力上較法院委托的司法鑒定較低，法院委托鑒定通常需要征詢雙方的意見，協商確定鑒定機構，協商不成的通常采取抽簽搖號的方式確定鑒定機構，并且會形成筆錄，記錄在卷，程序上公開公正，雙方當事人均較為信服。

2、鑒定資質較高的鑒定機構出具的鑒定意見效力優先于其他鑒定意見。因為，盡管鑒定機構沒有等級效力之分，但是鑒定機構的鑒定設備，鑒定技術，鑒定人的鑒定經驗往往較之其他鑒定機構的鑒定意見更能反映事情的原貌。

3、鑒定意見書詳實、客觀、鑒定意見理由充分的優先其他鑒定意見書。鑒定意見書，是鑒定人對該專業領域的專門問題向司法機關提供的結論意見，是鑒定人在觀察、檢驗、分析等科學技術活動上得出的主觀結論，是一種意見證據。是否采納該鑒定意見，鑒定人對送檢材料的充分了解，檢驗過程科學合理、先進，分析意見充分詳細，那么該鑒定意見則更能說服法官采信該意見。

對于你提出的“兩份司法鑒定結論不一致,法院如何認定”問題，司法鑒定兩份結論不一樣的話，那么就看是不是法院委托的，喲啊汗死不是的話，那么就選擇另一個司法鑒定結果，要是一樣的，以鑒定資質高的為準。你可以咨詢律聊網的律師。