1、丟失發票聯的處理：使用專用發票抵扣聯到主管稅務機關(正常)認證，將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，并用專用發票抵扣聯復印件留存備查。開票方和稅局無需特殊處理。

2、丟失抵扣聯的處理：可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，將專用發票發票聯作為記賬憑證，專用發票發票聯復印件留存備查。無需開票單位作任何處理，稅局在認證時以發票聯作為抵扣認證依據。

3、丟失發票聯和抵扣聯的處理：購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。開票方需要復印發票復印件，并由開票方稅局開具《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》;再由收票方主管稅務機關審核同意后，才可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

4、丟失記賬聯的處理：一般來說，如果發票開出后尚未寄出，可(開票單位)將發票的發票聯復印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無需稅局和收票單位作任何處理。

5、丟失全聯次處理：一般是結合3和4的處理方式合并進行處理。

二、發票開出已認證：

1、丟失發票聯的處理：使用專用發票抵扣聯作記賬憑證，使用專用發票抵扣聯復印件留存備查，其他無需作單獨處理。

2、丟失抵扣聯的處理：使用專用發票發票聯復印件留存備查，其他無需作單獨處理。

3、丟失發票聯和抵扣聯的處理：開票方需要復印發票復印件，并由開票方稅局開具《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》;再由收票方主管稅務機關審核同意后，才可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。

4、丟失記賬聯的處理：一般來說，如果發票開出后尚未寄出，可(開票單位)將發票的發票聯復印，作為記賬憑證;若已寄出，則從金稅卡中重新打印一次，作為記賬憑證。無需稅局和收票單位作任何處理。

5、丟失全聯次處理：一般是結合3和4的處理方式合并進行處理。

開票方和收票方應完善發票管理和保管傳遞制度，保證發票在各個范圍內不遺失;選擇適當的發票傳遞方式，如專門送達或其他安全的郵遞方式進行傳送，并及時跟蹤，保證發票在傳遞過程中的安全。