所謂內在價值，是指股票市價超過行權價的差額部分。差額越大，股票期權的內在價值就越高;相反，差額越小，就表示該股票期權的內在價值越低。如果股票市價低于行權價，則認為該項股票期權的內在價值為零。

運用內在價值法對股票期權進行會計處理時，企業會計部門首先應根據授予日當天的股票市價與行權價的差額來計算出企業授予股票期權的內在價值。即：股票期權的內在價值=﹙授予日股票市價-行權價﹚×授予數量，并根據計算出的股票期權內在價值來確定企業應向經理人支付的補償報酬成本。企業確認的補償報酬成本應在經理人剩余的固定服務期限內平均攤銷。由于股票價格是不斷波動的，則應在股票期權有效期內的每個會計年度終了時，對股票期權的內在價值重新進行確認，并對相關的補償報酬成本和費用進行調整。行權期滿時，如果經理人行權，企業會計部門應及時確認購股款收入，同時支付普通股;若經理人最終放棄行權，則沖銷授予時確認的相關報酬成本和股票期權;若經理人中途離職，則喪失尚處于行權期的股票期權，企業會計部門應沖銷以前確認的管理費用、股票期權以及尚未攤銷的遞延補償性支出。

(二)或有事項法

企業將股票期權授予經理人后，經理人就擁有了獲得未來收益的權利，而經理人是否行權就取決于未來公司股票的價格。因此，股票期權可以看作是企業授予經理人的一項或有報酬，將股票期權視同或有事項來進行會計處理。進行會計處理時，在股票期權授予日，企業會計部門按執行價格和授予數量確認一項債權，同時確認一項所有者權益，直到經理人行權后，再將債權轉為現金。同時將預計股本轉為股本。若經理人期滿棄權或中途離職，則應沖銷授予時確認的債權和所有者權益。

(三)三時點法

三時點法是將股票期權劃分為三個主要時點進行會計處理。股票期權授予日。企業會計部門在股票期權的授予日確認企業股票的或有交付義務和或有股款收入，并在備查賬中進行記錄;股票期權行權日。在期權行權期，股票價格會不斷變化，當股票價格上漲到經理人期望的價格時，那么經理人就會通過行權來取得收益，由于經理人行權，授予日登記在備查賬中的或有認股款成為企業現實的現金收入，或有股本也成為企業現實支付的股本，兩者之間的差額確認為股本溢價;股票期權到期日。如果股票價格低于行權價，經理人放棄行權，那么應在備查賬中沖銷已經確認的或有認股款和或有股本。經理人提前離職導致股票期權喪失的會計處理與經理人放棄行權的會計處理相同。