1.檢疫審批：凡輸入、攜帶、郵寄動物、動物產品、植物種子、種苗及其他繁殖材料、特定的植物產品，貨主、物主或代理人必須事先申請辦理檢疫審批手續。

2.報檢：輸入、輸出應檢物，貨主或代理人應按要求填寫報檢單，向口岸出入境檢驗檢疫機構報檢。

3.檢疫：包括現場檢疫、實驗室檢疫、隔離檢疫。現場檢疫：輸入、輸出應檢物抵達口岸時，檢疫人員登機、登輪、登車或到貨物停放場所實施檢疫;實驗室檢疫：檢疫人員按有關規定或要求對輸入、輸出的檢疫物作動物疫病、植物病蟲害的實驗室檢測;隔離檢疫：動物在入境后或出境前，必須在出入境檢驗檢疫機關指定的隔離場作隔離檢疫(大、中動物45天，小動物30天);入境植物種子、種苗及其他繁殖材料需作隔離檢疫的，應在指定的隔離圃隔離種植，經過至少一個生長周期的隔離檢疫。

4.檢疫結果的判定和出證：根據檢疫結果，按照我國與有關國家或地區簽定的雙邊檢疫議定書或協議中的規定，國家標準，參考有關國際標準出證。

5.檢疫處理：

(1)對經檢疫不合格的檢疫物，由口岸出入境檢驗檢疫機構簽發《檢疫處理通知單》，通知貨主或其代理分別作除害、退回或銷毀處理。

(2)簽證放行：經檢疫合格或經除害處理合格的出入境檢疫物，由口岸出入境檢驗檢疫機構簽發《檢疫放行通知單》、檢疫證書或在報關單上加蓋印章，準予入境或出境。