檢察院在辦理自偵案件行使刑事訴訟法定職權(quán)時，有權(quán)根據(jù)刑事訴訟法的相關(guān)規(guī)定，對案件進(jìn)行各項偵查活動，并依法對犯罪嫌疑人根據(jù)偵查情況做出最終的處理。

對于自偵案件中只有一個犯罪嫌疑人的案件，或者全部犯罪嫌疑人都已經(jīng)到案的案件，檢察院只需要按照有關(guān)程序進(jìn)行正常處理即可，對于部分犯罪嫌疑人在逃的案件，就會根據(jù)查明的情況分成兩類來處理。

檢察院自偵共同犯罪案件部分犯罪嫌疑人在逃的，根據(jù)在案犯罪嫌疑人有關(guān)犯罪事實(shí)的落實(shí)情況，分別有以下5種處理方式： 1、移送起訴；對于事實(shí)清楚，證據(jù)確實(shí)充分應(yīng)起訴的。 2、移送不起訴；對于事實(shí)清楚，證據(jù)確實(shí)充分證明不應(yīng)起訴的。 3、報請延長偵查羈押期限；對于事實(shí)無法查清，但仍在偵查法定期限內(nèi)的。 4、變更強(qiáng)制措施；對于已經(jīng)采取的強(qiáng)制措施期限已經(jīng)屆滿，但仍可以繼續(xù)偵查的。 5、解除強(qiáng)制措施。對于所有強(qiáng)制措施期限都已經(jīng)屆滿的。

檢察院在辦理自偵案件時，對于共同犯罪的部分同案犯罪嫌疑人在逃的案件，要根據(jù)對在案犯罪嫌疑人的犯罪事實(shí)查明的情況，分別以上情況進(jìn)行處理，說明《刑事訴訟法》對案件處理的原則也是實(shí)事求是。對于事實(shí)清楚的，按照規(guī)定處理，對于事實(shí)不清的，暫時不做出最終處理意見是一種必要的妥協(xié)。畢竟對于一個案件來說，在情況不明的情況下暫時不予追究，不影響將來在事實(shí)清楚的情況下補(bǔ)充追究，但錯誤的追究，會讓無罪的人遭受無端的刑事責(zé)任，有悖于疑罪從無的原則！