檢察院自偵案件撤銷案件的程序規定主要有以下5個：

1、法定期限屆滿前報上一級檢察院審查；地方各級人民檢察院決定撤銷案件的，負責偵查的部門應當將撤銷案件意見書連同本案全部案卷材料，在法定期限屆滿前報上一級人民檢察院審查。 2、全案材料應全部報送審查；共同犯罪案件，應當將處理同案犯罪嫌疑人的有關法律文書以及案件事實、證據材料復印件等，一并報送上一級人民檢察院。 3、上一級人民檢察院對口部門應該全部審查；上一級檢察院負責偵查的部門應當對案件事實、證據和適用法律進行全面審查。必要時，可以訊問犯罪嫌疑人。 4、報請檢察長決定；上一級人民檢察院負責偵查的部門審查后，應當提出是否同意撤銷案件的意見，報請檢察長決定。 5、告知控告人、舉報人。人民檢察院決定撤銷案件的，應當告知控告人、舉報人，聽取其意見并記明筆錄。

檢察院在辦理自偵案件時，規定了撤銷案件的各種程序，尤其是告知控告人和舉報人的程序，這是一個外部監督的程序。這種外部監督程序的存在，和內部規定的兩級檢察院偵查部門對案件的偵查、審查，以及兩級檢察長對有關文書的最終決定權，構成了檢察院自偵案件中撤銷案件的內外監督體系。這種內外監督體系，包括監察委對公職人員的監察體系，才是保證檢察院自偵案件的撤銷案件程序依法進行的保障！