在辦理自偵案件偵查時，檢察院負責偵查的部門行使的是《刑事訴訟法》規定的偵查權。

人民檢察院辦理自偵案件的偵查時，應當注意遵循的原則有以下5個：

1、全面客觀收集證據材料； 人民檢察院辦理自偵案件，應當全面、客觀地收集、調取犯罪嫌疑人有罪或者無罪、罪輕或者罪重的證據材料，并依法進行審查、核實。 2、保障訴訟參與人的訴訟權利； 人民檢察院辦理自偵案件，應當保障犯罪嫌疑人和其他訴訟參與人依法享有的辯護權和其他各項訴訟權利。 3、遵循刑事案件有關辦案期限的規定； 人民檢察院辦理自偵案件，應當嚴格依照刑事訴訟法規定的程序，嚴格遵守刑事案件辦案期限的規定，依法提請批準逮捕、移送起訴、不起訴或者撤銷案件。 4、強制措施需檢察長批準； 對犯罪嫌疑人采取強制措施，應當經檢察長批準。 5、保密。 人民檢察院辦理直接受理偵查的案件，應當對偵查過程中知悉的國家秘密、商業秘密及個人隱私予以保密。

檢察院在辦理自偵案件應該遵循有關的原則，之所以規定這些原則，就是因為在自偵案件的辦理過程中，檢察院只有內部監督而沒有外部監督。所以才在有關規定中重申在辦案過程中必須重證據，重調查研究，不輕信口供。嚴禁刑訊逼供和以威脅、引誘、欺騙以及其他非法方法收集證據，不得強迫任何人證實自己有罪等內容。因為檢察院在刑事訴訟中的職能，不僅有打擊犯罪的職責，還有保護無罪的人不受刑事追究的責任！