存疑不起訴的話可以申請國家賠償。因為法律規定，對公民采取逮捕措施后，決定撤銷案件、不起訴或者判決宣告無罪終止追究刑事責任的，受害人有取得賠償的權利。而存疑不起訴就是對嫌疑人實施了強制措施后又決定不起訴而終止追究刑事責任的情況，所以存疑不起訴的話可以申請國家賠償。【法律依據】《國家賠償法》第十七條，行使偵查、檢察、審判職權的機關以及看守所、監獄管理機關及其工作人員在行使職權時有下列侵犯人身權情形之一的，受害人有取得賠償的權利：一、違反刑事訴訟法的規定對公民采取拘留措施的，或者依照刑事訴訟法規定的條件和程序對公民采取拘留措施，但是拘留時間超過刑事訴訟法規定的時限，其后決定撤銷案件、不起訴或者判決宣告無罪終止追究刑事責任的；二、對公民采取逮捕措施后，決定撤銷案件、不起訴或者判決宣告無罪終止追究刑事責任的；三、依照審判監督程序再審改判無罪，原判刑罰已經執行的；四、刑訊逼供或者以毆打、虐待等行為或者唆使、放縱他人以毆打、虐待等行為造成公民身體傷害或者死亡的；五、違法使用武器、警械造成公民身體傷害或者死亡的。