從本地稅務機關的官網上面下載軟件《自然人稅收管理系統扣繳客戶端》；在電腦上進行安裝。進行扣繳單位基本信息錄入。按照提示錄入企業代碼、已實名認證人員（申報操作人員）信息、設置登錄密碼，然后登錄軟件。進行“人員信息采集”，完成對本單位員工個人基本信息的錄入。可以逐個錄入信息，也可以下載導入模板，在模板中填寫然后批量導入軟件中。在進行收入和扣繳稅款數據錄入。一般日常操作通過《扣繳所得稅報告表》進行，可以逐個員工錄入，也可以批量導入。申報數據錄入、保存以后，就可以點擊“申報表報送”，選擇需要報送的申報表，點擊“發送申報”，然后點擊“下一步，稅款繳納”，按提示完成操作就可以了。【法律依據】《個人所得稅法》第九條，個人所得稅以所得人為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。 納稅人有中國公民身份號碼的，以中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關賦予其納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時，納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。