農村宅基地房屋動遷補償糾紛的處理如下：1、協商，因農村宅基地房屋動遷補償發生糾紛的雙方當事人可以通過協商解決；2、調解，通過村委會調解解決糾紛；3、仲裁，當事人不愿協商、調解或協商、調解不成的可以向仲裁機構申請仲裁；4、訴訟，根據糾紛內容直接向人民法院提起訴訟。【法律依據】《土地管理法》第十四條，土地所有權和使用權爭議，由當事人協商解決；協商不成的，由人民政府處理。單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉級人民政府或者縣級以上人民政府處理。當事人對有關人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內，向人民法院起訴。在土地所有權和使用權爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現狀。