破壞計算機信息系統罪的行為方式有：1、破壞計算機信息系統功能。2、破壞計算機信息系統中存儲、處理或者傳輸的數據和應用程序。3、故意制作、傳播計算機病毒等破壞性程序，影響計算機系統正常運行。【法律依據】《刑法》第二百八十六條，違反國家規定，對計算機信息系統功能進行刪除、修改、增加、干擾，造成計算機信息系統不能正常運行，后果嚴重的，處五年以下有期徒刑或者拘役；后果特別嚴重的，處五年以上有期徒刑。違反國家規定，對計算機信息系統中存儲、處理或者傳輸的數據和應用程序進行刪除、修改、增加的操作，后果嚴重的，依照前款的規定處罰。故意制作、傳播計算機病毒等破壞性程序，影響計算機系統正常運行，后果嚴重的，依照第一款的規定處罰。單位犯前三款罪的，對單位判處罰金，并對其直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依照第一款的規定處罰。